该鼠住、食、便处从不混用，具有按食物种类分藏的习性，一般一个洞穴内只有1只成体鼠，幼鼠和亚成体鼠与母鼠分居，在距母巢35～100m处建筑洞穴。母鼠与幼鼠在同一领域内呈圆形分布，在其领域内几乎没有其它鼠类建筑洞穴，但允许在其范围内绕行活动。
雌雄比1∶3.7。黑线仓鼠可在距离洞穴80～200m的范围内活动，但以80～150m范围内活动频繁，雨后较晴天活动频繁，冬季活动范围小，主要依靠存粮为生。
5～6月和10～11月为数量高峰期，不冬眠。该鼠食性杂，以小麦、玉米、豆类等作物的种子为主要食料，占食料的60%以上，杂草籽次之，占20%，还取食少量昆虫和植物茎、叶、根等。
黑线仓鼠价格一般在5～100元之间。