猪瘟病毒可引起严重的白细胞减少及免疫抑制，常导致继发性肠道或呼吸道感染，这些继发性感染的症状能掩盖是典型的猪瘟症状而常给兽医师以误导，一般急性型非洲猪瘟呈现非常相似的症状和病变。
北京瑞祥生物认为，猪瘟鉴别诊断时应考虑猪丹毒、PRRS、香豆素（cumarin）中毒、紫癜出血、断奶后多系统消耗性综合征（PMWS）、PDNS沙门氏菌或巴氏杆菌感染，或任何抗生素治疗无效而伴发有发热的肠道和呼吸道综合征。
慢性型
慢性型猪瘟常导致死亡。当猪不能提供抗感染的有效免疫应答时，感染就发展为慢性。初的症状类似于急性型，之后可呈现非特异性症状，即间歇发热、慢性肠火和消瘦。病猪在死亡之前可存活2-3个月，从出现症状到死亡一直带毒。当免疫系统开始产生抗体时，在血清中可短暂地检测到。此抗体不能在机体中消除病毒，并终被病中和而无法检出。病变很不典型，特别是脏器和浆膜没有出血。呈现慢性腹泻的病菌猪，常在回肠、回盲瓣和直肠有坏死和溃疡。由于慢性猪瘟的临症很不特异，因而必须考虑和很多其它疾病进行鉴别诊断。
先天型和迟发型
虽然母猪常为亚临床感染，但病毒可通过妊娠母猪胎盘，因而在在妊娠全程均可感染胎儿，胎儿胎盘感染的结果依期和病毒的毒力而定。妊娠早期感染可引起胎儿流产、死产、木乃伊化和畸形，使繁殖指数降低，妊娠50－70天时感染，可产出持续毒血症的仔猪。这样的仔猪出生时临床上正常，并可活几个月，以后呈现生长不良、消瘦或偶发先天性震颤。此感染过程称作“迟发型猪瘟”。这些仔猪携带大量病毒，是危险的贮存宿主，在猪群中保持感染并传播。此型猪瘟必须与降低繁殖的细小病毒感染、PRRS、铯端螺旋体病和伪狂犬相鉴别。