纤毛虫病由聚缩虫、累枝虫、钟形虫等纤毛虫类寄生引起。
如何判断纤毛虫寄生？
1、水质：水质浑浊、透明度及水色给人感觉矇矇眬眬不清爽，调水、肥水不爽不起，可怀疑对虾有可能寄生纤毛虫；或水“寡”藻类单一的水体也易起纤毛虫；
2、对虾一段时间不能加料，虾体粗糙，起料台快离水时侧看甲壳有荧光，脚黄、鳃黄，则有可能起纤毛虫，尽快镜检以确定。
3、吃料正常蜕壳期间出现零星偷死，一般凌晨发现偷死，下午没有，两三天后偷死情况消失，在可能是纤毛虫寄生少量虾导致对虾蜕壳不遂。
4、镜检：怀疑对虾寄生纤毛虫取样镜检时应注意：多取几次样，一次取样时，多捉几条不同体质的虾。
防控建议
1.在对虾养殖的过程当中，纤毛虫爆发的根本原因是在于养殖水质与底质的恶化。随着养殖过程的深入，池中的有机碎屑增多，池底也逐渐的沉积虾的粪便及残余饵料，所以要使用底质改良剂进行改底，促进底层的有机杂质、残饵、粪便的分解，提高底质的氧化还原电位，从而破坏纤毛虫的生长、繁殖环境。
2.可以定期适应光合细菌，芽孢杆菌等微生物制剂，促进养殖水体有机物的分解，减少纤毛虫爆发的概率。
3.混养摄食池底有机质的鱼类，如罗非鱼等。
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注意：处理纤毛虫病之前，要先将养殖塘的水更换掉，或者使用药物对小龙虾养殖塘进行改底消毒。然后再使用药物，对小龙虾进行治疗。