每年5、6月份，一般都是雨季的集中期，这段时间降雨频繁，雨量大，蟹塘盐度变化大。由于青蟹对渗透压变化较敏感。大量雨水过后，池塘理化指标变化较大，青蟹调渗失衡，鳃部水肿，易造成慢走、大量进笼等问题。不仅如此，长时间阴雨天，池塘藻类缺乏有效的光合作用，营养吸收受阻，老化加快，极易倒藻。养殖水体掉清变浑浊，养殖环境难管理，料比增加。很多老养殖户更加清楚雨季管理的重要性，因为雨季管理不当，容易出现脓蟹病蟹，损失严重。
但因目前在部分养殖户间流传着“浑水养蟹，越养越好”的说法。其实不然，浑水主要是养殖水体缺乏有效藻类，自净能力变弱，水体不稳定，加上恶劣天气，极易返底。长期浑水，水体中的有机质增多，溶解氧偏低，毒素蓄积，螃蟹营养吸收差，料比高。如遇上高温，这会间接刺激纤毛虫的大量滋生。目前纤毛虫的危害是青蟹养殖管理中的一大难题。
所以，5、6月份如何稳水和防治纤毛虫将是这两个月的养殖管理重点。建议广大养蟹户平时的管理可参考以下几点：
，平时要灵活使用调水产品，及时分解水体中过多的有机质，达到净水爽水的作用，减少雨天有害菌滋生及有机质腐败的耗氧。同时经常补充有益菌，确保水体里菌藻平衡，增强稳定性，抑制有害菌。若遇到养殖水体出现泥浑的情况，需注意的是：肥水产品应少量多次使用，切勿肥水过度，同时以防管理不当导致出现纤毛虫或大量寄生
第二，大风大雨过后，为了减少青蟹的应激，提高其调节渗透压能力，建议使用虾动力或VC解毒应激灵，预防大雨过后出现鳃肿、慢走等养殖问题。
第三，遇到高温天气后，如果投食量增加，青蟹吃食快。此时塘底的有机质会慢慢增多，一定要及时改底，防止有机质过多，破坏纤毛虫的大量滋生的温床。要经常对池塘底部进行养护，这样耗氧成分减少，塘底溶解氧提高，螃蟹适应性更好，若遇不良天气，螃蟹适应能力强，活动量减少，螃蟹进笼的几率就少，能有效减少损伤。