在鸡养殖中，保持鸡肠道健康，不但能鸡的正常生长和较高的的生产性能，而且，能有效防治疾病，减少损失，获得较高的经济效益。鸡肠道健康失衡现象是养鸡生产中较易发生的一种情况，一般表现为鸡只发生下痢、腹泻，粪便稀薄如水状，应该引起人们足够重视。
1.饲料与饲养管理
养鸡生产中，使用了劣质饲料，饲料中营养物质不平衡，其中的粗纤维含量可能过高，而蛋白质含量较少，特别是必需氨基酸缺乏、矿物质元素和维生素含量不足。导致鸡的营养不足，出现肠道健康失衡病症。也有的因为添加了劣质原料，破坏了肠道内环境，损伤肠粘膜乃至发病。
鸡饮用了被污染的水源，破坏了鸡肠道的内环境，从而引发细菌性腹泻。另外，养鸡场的饮水系统经过较长期使用后，都会形成一些水垢和黏附一些有害物质（含病原菌），致使通水能力下降和水的质量引起鸡肠道健康失衡。
在鸡的不同生长阶段，需要不同的饲料。在更换饲料时，如果更换的过急、过快，使鸡没有一个适应期，从而产生饲料应激，就会引起鸡的肠粘膜损伤，出现应激性腹泻。
鸡舍环境较差，气温忽高忽低，通风换气功能较差，空气污浊，湿度过大，特别是垫料潮湿，都很容易诱发肠道疾病。
2.疾病
2.1 肠道菌群失调
养鸡生产中，过多的使用或添加抗生素，在杀灭病原微生物的同时，可能杀死鸡肠道内有益菌群，导致肠道内环境菌群失衡，在临床上主要表现为泡沫盲肠粪便、橙色粪便和大滩盲肠粪便。发生菌群失调时，鸡采食量减少，进而影响生长，生产性能降低，极易导致鸡脚病发生。
2.2病毒性疾病
鸡的病毒性肠炎，多与轮状病毒、类细小病毒、呼肠孤病毒、棒状类病毒粒子等病毒有关。此外，星状病毒、嵌杯样病毒、柯萨奇病毒、肠腺病毒、冠状病毒等亦可引起鸡的肠道炎等消化疾病。
2.3球虫病
在养鸡生产中，球虫病是导致鸡肠道疾病发生，影响健康和生产性能的重要疾病之一，而感染球虫后所引发肠粘膜损伤后为病原微生物和肠道有毒物质打开门户，导致肠道病原菌感染，也是引发肠道疾病的重要原因。
2.4 霉菌毒素蓄积性中毒
养鸡业中，由于饲料贮放不当，导致饲料腐败变质，或各种饲喂用具霉变，产生霉菌及其毒素，对鸡的消化系统造成损害。如腺胃肿大、肌胃溃烂、肠道菌群失调等，产生拉稀、料粪等临床症状。我国养鸡业中流行的肌胃炎、腺胃炎，大多数都是由霉菌及其毒素引起的。