经常会提到“养鸡就是养肠道”，肠道是一大消化吸收器官，如果肠道受到损伤，会直接影响及的消化吸收，浪费饲料的同时抵抗力也会差，引起其他继发感染。
大原因：小肠球虫的感染
小肠球虫的感染是本病的主要原因之一。
小肠球虫主要寄生于肠粘膜上皮细胞中，当其大量生长繁殖时，必然导致肠粘膜增厚，水肿，严重脱落及出血等病变，则几乎使饲料不能被完全消化吸收，同时对水分的吸收也明显减少，尽管鸡大量饮水，也会引起脱水现象，所以发病鸡群所排的粪便就很稀薄且不成形，内含有没有被消化的饲料。
第二大原因：细菌感染
细菌能引起肠炎，也是肉鸡肠毒综合症的病因之一：如沙门氏菌、产气夹膜梭菌等，通过刺激破坏肠道黏膜，同时引起炎症使肠蠕动速度加快，消化液排泄过多，饲料通过消化道的时间缩短，导致消化不良。
第三大原因：病毒感染
病毒也是引起肠毒综合症的诱因之一；如呼肠弧病毒引起肠炎，损害肠道的吸收功能。
第四大原因：肠道内的酸碱平衡失调
由于季节、饲料、病原微生物等原因引起肠道菌群失调，产生大量乳酸，使肠道内PH值严重降低，肠道内环境发生改变，有益菌减少有害菌大量繁殖，又由于此时肠道处于厌氧环境，魏氏梭菌、肠梭菌等厌氧菌会大量繁殖，有害菌与球虫相互协调而加强了致病性。
这样就会造成有益菌减少，而有害菌大量生长繁殖，特别是大肠杆菌、沙门氏菌能加重致病性。菌群所分泌的毒素增多，刺激肠道粘膜使肠蠕动加快，消化液排出增多，饲料通过肠道的时间缩短，消化不良，未消化的饲料随同脱落的粘膜一起排出体外，形成特征性的西红柿样或鱼肠样粪便。这也是肠炎怎么回事的重要原因之一。
第五大原因：电解质大量流失
由于球虫和有害菌大量生长繁殖导致消化不良和肠道吸收障碍，使电解质吸收减少，同时，由于大量的肠粘膜细胞迅速破裂崩解，使电解质大量流失，出现生理生化障碍，特别是钾离子的大量流失，引起坏死性肠炎的发生。
第六大原因：自体中毒
在发病的过程中，大量的肠道上皮细胞破裂，在细菌的作用下，发生腐败分解，以及脱落的肠粘膜、死亡的虫体等在体内发酵分解产生大量有毒物质，同时，肠道内异常菌群分泌的毒素均会被机体吸收后发生自体中毒，出现兴奋不安、尖叫、瘫痪而衰竭死亡等症状，这是肠毒综合征的主要表现。
第七大原因：饲料因素
饲料中大量的能量、蛋白质和部分维生素能促进细菌与球虫的大量繁殖，加重症状。所以营养越丰富，发病率就越高，症状就越严重。而饲喂品质较低的饲料相对发病较低。另外霉变饲料也能加重病。
第八大原因：药物中毒
长期用药，使药物对肠道粘膜造成损伤，引发肠炎。
介于以上八大原因，根据不同的原因引起的肠道疾病，要采取相应的治疗措施，且不可耽误病情，错失 佳治疗时机。
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