小肠球虫与坏死性肠炎混合感染往往会导致家禽生长发育缓慢，饲料转化率降低和部分死亡,小肠球虫、魏氏梭菌可损伤肠道黏膜，引起肠黏膜脱落和肠道出血，使饲料不能被完全吸收，同时大量的体液渗透到肠道中，导致机体腹泻、脱水、粪便中含有大量的没有完全消化的饲料或烂西红柿样的粪便等现象,球虫的代谢产物，魏氏梭菌产生的各种毒素被机体吸收后引发自身中毒。
剖检发现： 病变主要在小肠后段，尤其是空肠和回肠部分，肠管剪开后自行外翻，肠黏膜增厚，肠壁肿胀脆弱，肠管充满气体，肠黏膜脱落，肠壁弥漫性出血，肠内容物发病前期为淡黄色，中期呈淡红色，后期呈黑褐色血便。
案例： 四川省绵阳市的任哥饲养的当地土鸡排西红柿样粪便和没有完全消化的饲料，可见病鸡羽毛蓬乱，闭目呆立，采食量不增甚至下降，粪便变黄、变稀、变细、多鱼肠子样，粪便中带有没有消化好的饲料，酱便增多，乱窜尖叫，突发瘫痪，黎明前死亡率较高。有的鸡有刨料的特点。
首先要加强通风，以减少球虫与魏氏梭菌的感染机会。同时要加强消毒，经常使用消毒液对空气进行消毒。
药物治疗时要合理使用球虫药和治疗坏死性肠炎的药物，连用3-4天。
驱球止痢合剂是专门针对小肠球虫和坏死性肠炎针对耐药性的顽固性的小肠球虫和坏死性肠炎一疗程。
治疗时球虫药的选用很重要，要根据抗球虫药的作用阶段和作用期合理用药。球虫的生活周期一般为7天，无性繁殖期为4~5天，有性繁殖期2天，体外形成孢子化卵囊1天，坏死性肠炎的感染途径：魏氏梭菌主要存在与粪便、土壤、灰尘、污染的饲料、垫料及肠内溶物中，主要经过消化道感染发病，球虫感染及肠黏膜损伤是引起本病发生的一个重要因素，常于小肠球虫病并发或继发于小肠球虫病。所以在治疗小肠球虫病时配合青霉素类或头孢类药物联合使用。