1、结核病
小丑鱼结核病非常常见，在体外发病的，在皮肤上会出现一些块状的淡色云斑。而体内发病的话，在内脏中会有黄色的损伤。对病鱼要尽早治疗，进行隔离。用四环素溶液进行药浴，并对水族箱水体用UV杀菌器进行消毒。
2、弧菌病
弧菌病是小丑鱼的常见病之一，发病的时候皮肤会出现淡色斑点，还会有食欲不振、行动滞缓、鳍和体部都有出血的现象发生，治疗时可用磺胺类药，每18升水放入1粒氯霉素，使鱼在治疗的水箱中生活一周左右的 时间，每天换一半的药水，同时保持水温，直到痊愈。
3、柱状病
柱状病又称作竖鳞病，发病的状态为鱼鳞竖立，身体浮肿，这种病是柱状细菌引起的，细菌从受伤的部位进入鱼体而发病，治疗方式和弧菌病一样。
4、细菌性鳃病
发病的病毒是粘液菌，属于格兰式阳式细菌，发病表现为大部分皮层组织溃疡、鳃充血、鳃烂，此病在水温高于28℃时、水中pH过低、有机物含量过高时易发生。治疗需要把病鱼隔离，用50毫克/升氯霉素比例调配治疗的药浴，进行7天时间可以痊愈。
5、溃疡病
溃疡病是一种革兰氏阴性菌引起，症状为烂尾、烂鳍，原因大多由投入的食物或水中的不洁净物而引起的，治疗用新霉素、氯霉素药浴，50毫克/升，为期7天。
6、败血症
败血症的症状为皮肤溃烂、出血、眼球浑浊、脱肛，死亡率高达80%以上，通常大多在夏天高温时或饲养密度过大，含氧量下降时发生，目前还无特效药。一旦发现及时隔离，对病鱼可在饲料中加喂“呋喃唑酮”或用含抗生素的药物浸泡。