孵化间是机器，所以容易有灰尘和细菌，养殖户要打理好卫生工作。
蛋库门口应设消毒设施，进库前须换鞋、更衣。蛋库内每周熏蒸消毒一次，蛋库内地面必须做到无积水及碎蛋污渍。孵化间的地面每周要用消毒液（如0.2 ％复合酚溶液）浸泡的拖布拖擦两次，用消毒液浸泡的抹布擦拭室内其他物体表面。天花板、墙角等处常积有灰尘及蜘蛛网，可用吸尘器定期吸除。室内空气可采用季胺喷雾消毒。当雏鸡发出后，必须尽快清除出雏室、鉴别室、待运间内的废弃物，并进行冲洗，然后用福尔马林溶液熏蒸消毒（每立方米用甲醛42 毫升，高锰酸钾21 克，密闭熏蒸1 一2 小时）。