（1）体外药敏实验并不能完全代表该药在体内的作用效果
这和药物在体内的吸收、代谢有关。如体外药敏实验表明硫酸新霉素、丁胺卡那霉素对大肠杆菌高度敏感，但在治疗肉仔鸡大肠杆菌引起的心包炎、肝周炎时效果不明显，原因是通过口服给药在肠道内不能吸收入血，达不到有效的血药浓度故不起作用。
（2）体外药敏实验所培养出的菌有时并不是此次感染的主要病原菌
如支原体、胸膜肺炎放线杆菌很难培养，在患支原体肺炎、放线杆菌引起的胸膜肺炎时培养出来的细菌往往是体内长在菌。
（3）原发病是病毒病，后继发细菌感染并表现出细菌病的症状
如猪患非典型猪瘟，继发猪肺疫时，猪往往表现出呼吸道症状（猪肺疫的症状）。此时，体外药敏实验最好的抗巴氏杆菌药也不会取得满意的治疗效果，因为原发病是猪瘟。