影响孵化率的因素有很多，遗传与种蛋只是众多因素中的两种，要想提高孵化率任何一种因素都不容忽视。
遗传因素：不同品种或不同品系的孵化率不同；近交种蛋孵化率低，因为鸡的致死基因可导致孵化末期的胚胎死亡；杂交种蛋孵化率高。种鸡周龄，母鸡初产期的蛋孵化率低；在30周龄~42周龄产的蛋孵化率最高；以后随周龄增长而逐渐下降，约在45周龄后，孵化率降低2%~5%。母鸡产蛋量，鸡的产蛋量与孵化率呈正相关，即鸡群产蛋量高其孵化率也高；影响产蛋量的因素也同样影响孵化率。种鸡营养，日粮中营养不全如缺乏维生素A，孵化初期死胚增多；缺乏维生素D，孵化后期胚胎死亡率高；缺乏B族维生素，蛋白稀薄，孵化中期死胚增加，弱雏增多。矿物元素钙、磷、锌、锰等缺乏，孵化率降低。种鸡管理，鸡舍温度、通风及垫草的状况不良，造成舍内卫生较差，种蛋受到污染，从而影响孵化率。种鸡感染蛔虫、鸡白痢、鸡支原体等病均影响孵化率。有些疾病如鸡白痢、鸡支原体病等，可以通过带菌母鸡经蛋传染。尤应注意。
种蛋的原因：种蛋的品质，裂缝、污秽、畸形、太大、太小的蛋孵化效果不佳。种蛋的保存，短期保存种蛋对孵化率的影响不大，但保存期延长就会导致孵化率不断下降。保存种蛋的温度太低，相对湿度不足，通风不良，翻蛋不当，都影响孵化率。种蛋受冻、受振以及消毒不严，均可造成胚胎早期死亡增多，胚胎发育受阻，孵化率降低。