蛋壳颜色在输卵管内形成，腺体分泌和色素沉积连续构成蛋壳棕色素，这一过程在鸡蛋产出前4—5小时内完成。输卵管黏膜复层柱状上皮的顶细胞分泌钙，分泌细胞分泌釉质（色素）。蛋壳颜色主要由血红蛋白的分解产物胆绿素控制。饲料中的色素并不能沉积到蛋壳上。蛋壳颜色的影响因素概括起来有几下方面：
①遗传、品种：不同品种蛋壳颜色有所差异。
②周龄：40周龄以后蛋壳颜色有变浅的趋势。
③输卵管病变：水肿、出血、坏死、黏膜脱落均影响蛋壳色素的正常沉积。蛋鸡被其他鸡啄伤肛门，输卵管脱垂或另外形成的肛门创伤都会导致输卵管内细菌感染。
④传染病：
传染性支气管炎（软壳、粗壳、破壳蛋，蛋壳颜色变白）；新城疫（薄壳蛋，影响时间可长达2个月左右）；减蛋综合症（感染后7—14天产蛋率下降20—40%，破损率30—40%，早期蛋壳颜色减退，即而薄壳、软壳、粗壳、无壳、凹凸不平等）；另外，某些细菌病如大肠杆菌病、沙门氏菌、梭菌等也可导致蛋质下降（原因：这些细菌在肠道内大量繁殖，使肠道菌群失调，消化吸收功能下降，导致钙量不足。同时，细菌引起输卵管、子宫部炎症以及产生的毒素，使蛋壳腺细胞形态和功能改变，钙及色素沉积受到影响，蛋壳质量下降，颜色变浅。）
⑤药物：磺胺类、呋喃类、喹乙醇、抗球虫药等干扰蛋壳颜色的形成。饲料中各种霉菌毒素、有机氯农药残留，蛋鸡体内的磺硫胺毒性均会使蛋壳失去正常颜色。
⑥应激：高温应激、寒冷刺激、疫苗接种、光照程序紊乱、噪音、惊吓、缺水、换料突然等等都会影响蛋壳颜色。