一、 自然发酵法
1、堆肥发酵法
通过堆肥发酵后的鸡粪，是葡萄、西瓜、果树和蔬菜的好肥料。选择在通风好、地势高的地方，最好远离居住区及鸡舍500米以上的下风向，将清理出的带垫料鸡粪堆积成堆，外面用泥浆封闭。一般夏季10天左右，冬季2个月左右。采用堆肥发酵方法，最好购买翻堆机，另外就是辅料的问题，新鲜的鸡粪需要添加辅料，没有辅料发酵是不行的，可以使用出完蘑菇的棒子，一般3分钱左右一斤。
2、湿泥土密封发酵法
即将鸡粪运到粪场堆积， 拍打平整、盖上10厘米左右厚土泥抹平， 使其不进气不漏气，让微生物的里面发酵产热，杀灭病菌和寄生虫，此法适于粪堆长期堆放不动。
3、塑料膜密封发酵法
在粪场的粪堆上盖上塑料膜，周围用土、石块压实，不透气，留一端掀盖方便， 将每天打扫的鲜鸡粪加入，再压实，若簿膜幅面窄，可以互相压边，以水粘合，若粪太稀可适当拌土堆积， 阳光照射发酵几天后，要常掀开簿膜凉晒， 若有蝇蛆孳生则盖上簿膜即可很快杀灭，反复一段时间后，粪即干成堆，若长期不出售则最好用泥土封存。此法可使粪堆升温快，灭蛆好，适合范围广。
二、沼气发酵法
鸡粪是沼气发酵的原料之一，尤其是带水的鸡粪，可以用来制取沼气。建立中小型酵池，经10-20天左右发酵便可生产出沼气。沼气可用做生活取暖， 烧水煮饭等，还可用沼气作能源制作膨化饲料，发酵的粪便无臭味， 沼气池中的粪肥要及时清除池外，用干制法或发酵法堆积贮存。沼渣用来做鱼饵或肥料。
三、微生物发酵法
鸡舍清理出的鸡粪，可以与秸秆、锯末屑、谷壳、饲粉和发酵剂、米糠（或麸皮、玉米粉等替代物）等深度发酵处理以后再施肥，粪便无臭味，既提高生产效益，改善饲养环境，还可减少苍蝇孳生，当做有机肥施用效果会更好。还可以使用多菌两步发酵法，即鸡粪通过配比后经过多菌两步发酵（前期好氧，后期堆肥）后生产出生物有机肥商品，广泛应用于各种作物，是生产无公害、绿色和有机产品的优质肥料。该方法不仅能够彻底除臭，还有独特的发酵味。