1、高致病性禽流感（H5亚型）的控制
高致病性禽流感一旦爆发，必须立即逐级上报，并对疫区进行隔离、封锁，严禁禽类及其产品流通；对发病鸭群应严格采取扑杀措施。紧急严格的扑杀程序有利于养鸭业的健康发展。这其中包括快速诊断，以发病场为中心建立隔离检疫区、扑杀及处理感染鸭群。
尽管试验证明抗病毒中草药、盐酸金刚烷胺可减少感染鸭群的死亡率，但不主张对发病鸭群进行治疗以免疫情扩散。因治疗过程中排毒仍在进行、且病毒能通过发生突变而产生耐药性。在流行过程中一般不选择使用弱毒疫苗紧急接种的方案。因为禽流感病毒有高度的变异性，弱毒疫苗在使用中有可能产生变异而使毒力返强、形成新的高致病力毒株。
2、低致病性禽流感（H9亚型）的控制
低致病性禽流感发生时，在疫情上报、疫区隔离封锁的同时采取在密切的监视、隔离和检测下保留鸭群，是目前适合国情的普遍做法。在疫病流行过程中应对发病鸭群及时确诊以便立即实行严格的生物安全措施，尽量减少传播和扩散的可能性、对进出入鸭场的人员和设备必须实行严格的消毒隔离措施。
对症治疗尽量减轻经济损失。采用抗病毒药物及抗菌素进行治疗可降低死亡率和继发感染。抗病毒药物新流，对禽流感的治疗效果较好既有抗病毒作用、又可增加机体的抗病力，临床应用效果也很好。