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防治本病最主要的是要做好预防工作，改善鸭场的饲养管理和卫生条件，尽量减少不良应激，建立合理完善的消毒和防疫制度。我国目前应用较多的是各种佐剂的灭活苗，采用灭活疫苗免疫鸭群，一般需要免疫两次才能得到较为有效的保护力，肉鸭在7～10日龄进行首次免疫，每只肌肉注射或皮下注射0.2～0.5毫升，相隔1～2周后进行二免。
由于鸭疫里默氏杆菌的血清型较多，不同地区、不同时期流行的血清型有所不同，甚至同一鸭场、同一批鸭群也可能同时存在多个血清型，而且本病常常继发大肠杆菌病，因此有条件的鸭场可针对当地流行血清型，自行筛选相应同型菌株研制疫苗，或委托高等院校和科研院所制作多价“鸭疫里默氏杆菌+大肠杆菌”二联灭活疫苗进行预防接种。
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